Muammo – mavjud bilimda oʻz yechimini topmagan va hal etish usuli nomaʼlum boʻlgan masala. Shuning uchun ham muammoni qoʻyish va hal qilish mavjud bilimlar doirasidan chetga chiqishni, yechimining yangicha usuli va uslublarini qidirishni taqozo etadi. Qanday muammolarni ilgari surish, uni muhokama qilish xarakterini amaliy faoliyat va bilishga boʻlgan ehtiyojlar belgilab beradi. Muammoni muvaffaqiyatli hal qilishning zarur shartlaridan biri uni toʻgʻri qoʻyish va aniq bayon qilishdan iborat. Mashhur nemis olimi V.Geyzenberg aytganidek, toʻgʻri qoʻyilgan savol muammoni yechishning yarmidan koʻprogʻini tashkil etadi. Muammoni toʻgʻri qoʻyish uchun muammoli vaziyatni aniq tasavvur qilishning oʻzi yetarli emas. Buning uchun muammoni hal qilishning turli xil usul va vositalarini ham oldindan koʻra bilish kerak. Muammolarni qoʻyishda kishilarning hayotiy tajribasi, bilimlari va iqtidori muhim ahamiyatga ega boʻladi. Shuning uchun ham odatda koʻp hollarda yangi muammolar ilmiy bilish muayyan sohasining yirik mutaxassislari, boy tajribaga ega va chuqur bilimli olimlar tomonidan ilgari suriladi hamda koʻpgina hollarda uzoq yillar davomida tadqiq qilinadi. Muammoni tanlash maʼlum bir darajada tadqiqotning umumiy yoʻnalishi va xususiyatlarini belgilab beradi. Albatta muammoning ilgari surilishi avvalo amaliy faoliyatimiz ehtiyojlariga bogʻliq. Chunki faqat amaliy faoliyatda kishilarning ehtiyojlari va maqsadlari bilan ularni hal qilish vositalari oʻrtasidagi ziddiyat yaqqol namoyon boʻladi, ilmiy izlanish predmeti aniqlanadi. Shu asosda bilish oldiga aniq vazifalar qoʻyiladi. Ilmiy muammo odatda, maʼlum bir nazariya doirasida vujudga keladi. Nazariya keyinchalik ilgari surilishi mumkin boʻlgan muammoni umumiy holda belgilash va uni toʻgʻri tanlashga yordam beradi. Shuningdek, har bir muammo maʼlum bir nazariya yordamida hal qilinadi. Baʼzi hollarda, muammo mavjud nazariyani yangilash, muammoni yechishga moslashtirishni talab qiladi.

Muammoni yechish uchun dastlabki tayyorgarlik ishlari amalga oshiriladi. Ular quyidagilardan iborat:

a) mavjud nazariyalar doirasida tushuntirib boʻlmaydigan fakt va hodisalarni aniqlash;

b) muammoni hal qilish gʻoya va metodologiyasini tahlil qilish va ularga baho berish;

v) muammoni hal qilish shakli, maqsadi va olingan natijani tekshirish yoʻllarini belgilash;

g) muammoning negizi bilan uni yechish uchun ilgari surilgan gʻoyalar oʻrtasidagi aloqaning xususiyatlarini koʻrsatish.

Bu dastlabki ishlar amalga oshirilib boʻlgandan keyin muammoni yechishga bevosita kirishiladi. Muammoning yechilishi nisbiy xarakterga ega. Boshqacha aytganda, oʻrganilayotgan hodisaning barcha tomonlarini qamrab olib boʻlmasligi bois muammoning mutlaq toʻliq yechimini topish qiyin. Shuning uchun ham ilmiy izlanish davomida yangi muammolar vujudga kelishi va u mavjud muammoni boshqacha talqin qilishni taqozo etishi mumkin. Masalan, I.Nyuton butun olam tortishish qonunini kashf qilib, faqat oʻzaro tortishuvchi jismlar oʻrtasidagi miqdoriy aloqalarni aniqlaganini uqdirgan edi. A.Eynshteynning nisbiylik nazariyasi jismlarning oʻzaro tortishishi muammosini boshqacha talqin qiladi va bu muammo haqidagi tasavvurlarimizni maʼlum bir darajada kengaytiradi. Jismlarning oʻzaro tortishishining tabiati, amalga oshish mexanizmi hozirgacha toʻla ochib berilmagan. Baʼzi hollarda muammolarning yechimini uzoq vaqtgacha topib boʻlmaydi. Masalan, saraton xastaligining sababini oʻrganish bilan bogʻliq muammo hozirgacha oʻz yechimini topmagan. Bu hol bu kabi muammolar yechib boʻlmasligini emas, balki ularni mavjud uslub va vositalar yordamida hal etib boʻlmasligini anglatadi va shu tariqa muammo yechimining yangi vositalarini izlashga undaydi. Demak, muammo hal qilinmaguncha ilmiy izlanishlar davom etadi.