Муаммо – мавжуд билимда ўз ечимини топмаган ва ҳал этиш усули номаълум бўлган масала. Шунинг учун ҳам муаммони қўйиш ва ҳал қилиш мавжуд билимлар доирасидан четга чиқишни, ечимининг янгича усули ва услубларини қидиришни тақозо этади. Қандай муаммоларни илгари суриш, уни муҳокама қилиш характерини амалий фаолият ва билишга бўлган эҳтиёжлар белгилаб беради. Муаммони муваффақиятли ҳал қилишнинг зарур шартларидан бири уни тўғри қўйиш ва аниқ баён қилишдан иборат. Машҳур немис олими В.Гейзенберг айтганидек, тўғри қўйилган савол муаммони ечишнинг ярмидан кўпроғини ташкил этади. Муаммони тўғри қўйиш учун муаммоли вазиятни аниқ тасаввур қилишнинг ўзи етарли эмас. Бунинг учун муаммони ҳал қилишнинг турли хил усул ва воситаларини ҳам олдиндан кўра билиш керак. Муаммоларни қўйишда кишиларнинг ҳаётий тажрибаси, билимлари ва иқтидори муҳим аҳамиятга эга бўлади. Шунинг учун ҳам одатда кўп ҳолларда янги муаммолар илмий билиш муайян соҳасининг йирик мутахассислари, бой тажрибага эга ва чуқур билимли олимлар томонидан илгари сурилади ҳамда кўпгина ҳолларда узоқ йиллар давомида тадқиқ қилинади. Муаммони танлаш маълум бир даражада тадқиқотнинг умумий йўналиши ва хусусиятларини белгилаб беради. Албатта муаммонинг илгари сурилиши аввало амалий фаолиятимиз эҳтиёжларига боғлиқ. Чунки фақат амалий фаолиятда кишиларнинг эҳтиёжлари ва мақсадлари билан уларни ҳал қилиш воситалари ўртасидаги зиддият яққол намоён бўлади, илмий изланиш предмети аниқланади. Шу асосда билиш олдига аниқ вазифалар қўйилади. Илмий муаммо одатда, маълум бир назария доирасида вужудга келади. Назария кейинчалик илгари сурилиши мумкин бўлган муаммони умумий ҳолда белгилаш ва уни тўғри танлашга ёрдам беради. Шунингдек, ҳар бир муаммо маълум бир назария ёрдамида ҳал қилинади. Баъзи ҳолларда, муаммо мавжуд назарияни янгилаш, муаммони ечишга мослаштиришни талаб қилади.

Муаммони ечиш учун дастлабки тайёргарлик ишлари амалга оширилади. Улар қуйидагилардан иборат:

а) мавжуд назариялар доирасида тушунтириб бўлмайдиган факт ва ҳодисаларни аниқлаш;

б) муаммони ҳал қилиш ғоя ва методологиясини таҳлил қилиш ва уларга баҳо бериш;

в) муаммони ҳал қилиш шакли, мақсади ва олинган натижани текшириш йўлларини белгилаш;

г) муаммонинг негизи билан уни ечиш учун илгари сурилган ғоялар ўртасидаги алоқанинг хусусиятларини кўрсатиш.

Бу дастлабки ишлар амалга оширилиб бўлгандан кейин муаммони ечишга бевосита киришилади. Муаммонинг ечилиши нисбий характерга эга. Бошқача айтганда, ўрганилаётган ҳодисанинг барча томонларини қамраб олиб бўлмаслиги боис муаммонинг мутлақ тўлиқ ечимини топиш қийин. Шунинг учун ҳам илмий изланиш давомида янги муаммолар вужудга келиши ва у мавжуд муаммони бошқача талқин қилишни тақозо этиши мумкин. Масалан, И.Ньютон бутун олам тортишиш қонунини кашф қилиб, фақат ўзаро тортишувчи жисмлар ўртасидаги миқдорий алоқаларни аниқлаганини уқдирган эди. А.Эйнштейннинг нисбийлик назарияси жисмларнинг ўзаро тортишиши муаммосини бошқача талқин қилади ва бу муаммо ҳақидаги тасаввурларимизни маълум бир даражада кенгайтиради. Жисмларнинг ўзаро тортишишининг табиати, амалга ошиш механизми ҳозиргача тўла очиб берилмаган. Баъзи ҳолларда муаммоларнинг ечимини узоқ вақтгача топиб бўлмайди. Масалан, саратон хасталигининг сабабини ўрганиш билан боғлиқ муаммо ҳозиргача ўз ечимини топмаган. Бу ҳол бу каби муаммолар ечиб бўлмаслигини эмас, балки уларни мавжуд услуб ва воситалар ёрдамида ҳал этиб бўлмаслигини англатади ва шу тариқа муаммо ечимининг янги воситаларини излашга ундайди. Демак, муаммо ҳал қилинмагунча илмий изланишлар давом этади.